水环所是全国唯一专门从事水文地质、工程地质、环境地质研究的国家公益性科研机构，是全国水文地质调查和地下水资源评价的科技支撑单位和技术发展核心，是全国水文地质环境地质专业编图中心。水环所以“开展水工环地质研究，促进地质科技发展”为宗旨，结合国家经济建设和社会发展的需要，从事地下水资源调查评价、开发利用和水环境保护的理论与技术研究，重视环境地质和地质灾害研究工作，推动水工环学科创新体系建设；重点研究和解决国民经济建设中带普遍性、关键性、战略性、公益性和区域性的水工环基础理论和技术问题；在区域水循环、水文地球化学、同位素水文地质、黄土与全球变化、农业地质、城市地质、地下水微生态学等分支学科和专业编图方面做出了开创性贡献，为国土资源开发、整治、保护和合理利用提供科学依据。